O Departamento de Zoologia foi criado em 1934 como parte integrante do Curso de História Natural da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras da Universidade de São Paulo. Seu primeiro diretor foi o zoólogo alemão Ernst Bresslau (1877-1935). Zoológo de ampla formação, Bresslau conhecia bem o Brasil, país que considerava o paraíso dos zoólogos, mas faleceu pouco depois de assumir seu cargo. Após sua morte e de consultas a cientistas europeus e americanos, uma comissão convidou o Prof. Dr. Ernst Gustav Goltthelf Marcus (1893-1968), também alemão, a dirigir o Departamento. Marcus esteve à frente do Departamento de Zoologia de 1936 até 1963 quando se aposentou compulsoriamente. Ele e sua esposa, Eveline du Bois Reymond Marcus, (1901-1990) dedicaram-se extensivamente ao estudo da anatomia e sistemática de invertebrados. Após essa data, chefiaram o Departamento Diva Diniz Corrêa (1963 a 1977), Walter Narchi (1977 a 1981 e 1985 a 1989), Gilberto Righi (1981 a 1985), Carlos Eduardo Falavigna da Rocha (1989 a 1991), Naércio Aquino Menezes (1991 a 1995), Elizabeth Höfling (1995 a 1999), Sergio Antonio Vanin (1999 a 2003), Miguel Trefaut Rodrigues (2003 a 2007) e Elizabeth Höfling (2007 até o momento).  

O Departamento de Zoologia iniciou suas atividades no porão da Faculdade de Medicina da USP, passando depois ao Palacete Street da Alameda Glete, onde permaneceu até 1955. Nesse ano mudou-se para o Prédio Zoologia, atualmente Edifício Ernst Marcus, o primeiro da área que o Instituto de Biociências ocupa no campus, onde se encontra até hoje. Em 1964, o Departamento de Zoologia passou a integrar o Curso de Ciências Biológicas e, a partir de 1970, foi incorporado ao Instituto de Biociências da USP.

Entre 1936 e 1960 a pesquisa no Departamento cresceu centrada no estudo dos cnidários, artrópodes, moluscos e vermes realizada por Ernst Marcus, Michel Pedro Sawaya, Marta Vannucci, Diva Diniz Corrêa, Claudio Froehlich, Tagea K. S. Bjönrnberg, Eudoxia Froehlich, Liliana Forneris, Walter Narchi, Gilberto Righi e Erika Schlenz. A partir de 1970, com a contratação de novos docentes, além de prosseguir com as pesquisas em invertebrados, o Departamento passou a realizar pesquisas em anatomia, sistemática, evolução, biogeografia, ecologia e comportamento de vertebrados nas áreas de ictiologia, ornitologia e herpetologia. Desde 1970 com a implantação do curso de pós-graduação em Zoologia, nos níveis de mestrado e doutorado, várias novas linhas de investigação foram abertas tornando o Departamento um dos maiores centros de formação de zoólogos do país. Os inúmeros docentes que por aqui passaram contribuíram de maneira decisiva para consolidar a posição de destaque nacional e internacional do Departamento.

Atualmente, as pesquisas realizadas no Departamento estão voltadas ao estudo da biologia, morfologia, anatomia funcional, comportamento, sistemática, evolução e conservação de invertebrados (Cnidaria, Mollusca, Crustacea, Annelida, Arachnida e Insecta) e de vertebrados (peixes, anfíbios, répteis, aves e mamíferos) de água doce, marinhos, terrestres e cavernícolas, especialmente da América do Sul. Os estudos estão reunidos em laboratórios comuns, procurando incentivar pesquisas de cunho abrangente. São os seguintes os laboratórios do Departamento de Zoologia: Celenterologia, Medusozoa, Malacologia, Carcinologia, Helmintologia e Carcinologia Evolutiva, Entomologia e Aracnologia, Anelídeos, Ictiologia, Herpetologia, Ornitologia e Mastozoologia. Atualmente, vários projetos temáticos multidisciplinares estão em andamento, muitos deles utilizando técnicas de análise sistemática moderna, algumas de uso já consagrado, como as moleculares. A pesquisa no campo visando o estudo da ecologia e evolução da fauna das grandes paisagens brasileiras tais como a Amazônia, Mata Atlântica, Caatinga, Cerrados, assim como a dos ecossistemas de água doce, marinhos e subterrâneos é atividade permanente do Departamento. É através dela que temos contribuído para revelar a diversidade faunística do país, passo indispensável para planejar e assegurar sua conservação.

        Do ponto de vista do ensino, o Departamento participa do curso de Graduação do Instituto de Biociências oferecendo disciplinas obrigatórias departamentais e interdepartamentais e disciplinas optativas. Todos os docentes do Departamento também ministram disciplinas na pós-graduação. Deve-se salientar que, além de alguns dos docentes ministrarem disciplinas de extensão no Instituto, fazem-no também fora dele, especialmente em outros estados durante congressos nos quais mini-cursos para especialistas são muito procurados. Outras atividades de extensão como palestras, entrevistas à mídia, assessorias diversas a órgãos públicos e empresas privadas, identificação de material, auxílio no estudo e elaboração de mecanismos que levem ao aperfeiçoamento ou elaboração de políticas públicas e de conservação, são realizadas por nossos docentes.